Une nouvelle fois, la galaxie est en guerre. L’Alliance Galactique doit faire à des planètes qui ont volonté de faire sécession, qui ne veulent pas assumer leurs responsabilités, notamment financières. Corellia est une de ces planètes. Les choses tournent mal quand un terrible attentat frappe Coruscant, faisant des centaines de morts. Choqués, les politiciens, Cal Omas en tête, décident de lancer une police secrète (la Garde de l’Alliance Galactique), chargée de traquer les terroristes (les Corelliens) : c’est le début de l’ascension de Jacen Solo, cela le mènera à Chef de l’Alliance Galactique. C’est là l’origine du mépris qu’a Pellaeon envers Jacen : il n’a a jamais pardonné la création de la Garde et encore moins que ce soit confié à Jacen. Ses pensées le montrent clairement : « Pellaeon était simplement contre la création d’une police secrète louche, à l’écart de la chaîne de commandement, n’ayant pas à rendre compte de ses actes et qui avait été finalement confiée à quelqu’un n’ayant jamais porté un uniforme de toute sa vie. »
Car Pellaeon est un impérial, il a le respect du grade militaire et de l’uniforme. Comme beaucoup d’impériaux, ils considèrent que l’Empire a un devoir envers la galaxie et sa sécurité, et que le pouvoir ne doit pas servir à satisfaire des besoins personnels. Comme beaucoup d’impériaux, il a un préjugé négatif envers les Jedi. Il les a côtoyés, il les connaît et il sait qu’ils sont bons dans un rôle de moralisateur mais qu’on ne peut pas leur en demander plus (« les Jedi sont très forts pour être en opposition, pour jouer le rôle de la conscience sur l’épaule des leaders et pour maintenir en éveil, voire même pour jouer les troupes de choc et préserver la paix lorsque c’est nécessaire. Mais ils ne savent pas diriger »). Or Jacen est un Jedi selon Pellaeon, il n’est pas apte à gouverner. D’autant plus qu’il n’a pas un parcours militaire classique, ne grimpant pas les rangs par le mérité. Son caractère pose également problème : il est autoritaire, impulsif et buté. Pellaeon lui reproche de ne pas savoir chercher et trouver le compromis, de créer de l’instabilité dans une galaxie déjà bien fatiguée (« la guerres laissaient la galaxie exsangue, et les blessures de la guerre des Yuuzhan Vong étaient à peine cicatrisées (…) Mais, si cela impliquait de travailler avec quelqu’un comme Jacen Solo, songea Pellaeon, la paix ne pourrait durer. Il aurait pu traiter avec Niathal, pas avec un individu aussi volatil et mystique que Solo. Nous sommes l’Empire. Nous apportons l’ordre et la justice pour le bien de tous »). Pellaeon est un homme de poigne sinon il ne pourrait pas diriger l’Empire, un système où les Moffs (gouverneurs) ne pensent qu’en terme de luttes de pouvoir et d’influence. On l’avait déjà vu lors de la guerre contre les Vong où il avait décidé d’apporter le soutien impérial à la Nouvelle République. On en a encore la confirmation quand il arrive à gérer ces mêmes Moffs (« il maintenait la cohésion de l’Empire à l’aide d’un réseau complexe de loyautés personnelles, la conviction collective des Moffs qu’il avait généralement raison et une dose rarement employée mais efficace de châtiment »).
Malheureusement pour lui, Pellaeon est à la tête de l’Empire et il est donc un acteur décisif dans la guerre en cours, son choix de rallier un camp ou un autre (l’Alliance ou la Confédération ou les Jedi ou rester neutre) pourrait faire basculer les choses. Jacen décide d’envoyer Tahiri qu’il forme aux arts et à la culture Sith. Cela doit être elle pour une épreuve, et aussi tenter Pellaeon en lui envoyant une jeune et jolie femme pour manipuler ses décisions. Pellaeon n’est pas dupe, il n’est pas non plus aveugle : Tahiri a été marquée par les Vong, elle a des cicatrices, tout son visage rappelle la guerre contre les Vong (« Jacen, si tu envoies une jolie fille pour m’amadouer, ne brise pas le charme en me rappelant les Vong »). Pellaeon, qui a été le second de Thrawn, sait juger et évaluer les gens. Il n’est pas non plus arrivé à ce niveau en faisant preuve de naïveté. Il voit clair dans le jeu de Jacen ; il se doit de rester vigilant et ne pas sous-estimer Tahiri (« aussi charmante soit-elle, car il s’agissait de la créature de Jacen Solo et qu’il était quasiment certain qu’elle n’était as aussi adorable qu’elle en donnait l’impression »). Pour autant, il accepte de suivre l’Alliance.
Au pied du mur, acculé par Jacen, Pellaeon décide de sortir un atout de sa manche, un vestige de la puissance impériale comme lui : Daala. Il est admiratif de la femme quand on lit que « il ne savait plus le nombre de fois où l’on avait pensé qu’elle était vaincue, ou même morte. Et pourtant, elle n’avait cessé de revenir pour mettre de sérieux bâtons dans les roues de la Nouvelle République ». Daala rejoint une situation complexe lors de la bataille de Fondor. L’Alliance se déchire entre ceux qui suivent Jacen Solo et Niathal après que cette dernière ait négocié une reddition de Fondor. Jacen, pris par sa colère, décide de poursuivre l’attaque. Niathal est désespéré et Pellaeon décide de rompre son accord et s’attire les foudres de Jacen (« la flotte impériale va se retirer immédiatement et respecter le cessez-le-feu »).
Jacen demande alors à Tahiri de tuer Pellaeon. Jacen comprend que Pellaeon est une épine dans son pied, que l’éliminer lui permettra de prendre le contrôle des forces impériales et de soumettre les Moffs. Pressé, torturé par Tahiri, Pellaeon ne rompt pas. Il garde son honneur et sa fierté, il reste fidèle à ce qu’il a toujours été. Son dernier ordre est bien l’illustration de l’homme qu’il est. Alors que céder à la demande de Jacen le maintiendrait en vie, il refuse et demande « à toute la flotte (…) de mettre vos navires à la totale disposition de l’amirale Niathal et d’abattre Jacen Solo, pour l’honneur de l’Empire ». Tahiri tue donc Pellaeon en lui serrant le cœur (« la douleur ressurgit et engloutit Pellaeon à la manière d’un raz-de-marée resté immobile durant une fraction de seconde »). La galaxie perd alors un grand leader impérial qui aura connu Thrawn, les Vong, Luke Skywalker et tant d’autre. C’est Daala qui lui rendra un vibrant dernier hommage : « A Gil Pellaeon. Le dernier authentique gentleman de l’Empire. Bon voyage, mon ami ».